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不断开拓达到新高度

张翔宇,2018年九月毕业于英国伦敦帝国理工学院生物信息学与理论系统生物学MSc,2019年一月进入中国广东省深圳市龙岗区华为总部任算法工程师,专攻医学深度学习。2019年八月进入美国乔治亚州雅典市乔治亚大学,目前在兽医学院生理与药理学系De La Fuente博士实验室担任博士研究助理。作为在病理学、药理学领域里一颗冉冉升起的明日之星,张翔宇拥有丰富的专业知识和技术经验。

一、 学生时期,学习丰富的专业知识

2014年九月至2017年六月在英国伦敦帝国理工学院获生物科学学士学位,在此期间,学习了各种生物学研究课题,包括微生物学、生态学、生物化学、进化生物学、免疫学、代谢、网络生物学和细胞生物学等。同时还熟悉了python和R语言。2017年九月至2018年九月在英国伦敦帝国理工学院获生物信息学与理论系统生物学MSc,在此期间,更多地了解了目前生物信息学的前沿研究课题,以及生物信息学研究所必需的数学和计算技能。还参与了三个生物信息学研究项目。包括web数据库开发和机器学习相关的项目。

二、 工作时期,不忘初心砥砺前行

作为一名冉冉升起的病理学、药理学之星。或许张翔宇的履历与经验都没有老一辈研究人员丰富但他一直在工作中不断磨练自己,在自己的领域深耕。在华为工作期间主要从事涉及心脏图像分析深度学习工具开发的项目,经过深度学习代码编写的初步培训,参与了心脏磁共振成像(MRI)的全心脏子结构分割项目。在离职前完成了基于深度学习算法得到的分割来计算心脏容积的方法。目前在De La Fuente博士实验室担任博士研究助理,实验室主要专注于细胞生物学和发育生物学的表观遗传学方面,张翔宇作为第二作者参与发布的“CBX2的缺失会诱导基因组不稳定和衰老相关的染色体重排”“丙戊酸诱导胚胎干细胞分化过程中染色质可及性景观和组蛋白H3核心乙酰化的变化”两篇论文中,主要负责生物图像和测试数据集的分析。在第一篇论文中,他分析了ATAC-seq在对照组小鼠和CBX2敲除小鼠成纤维细胞上的表观遗传学数据。他独自负责解读来自ATAC-seq的原始测序数据,以及识别具有差异富集ATAC-seq信号的基因组位点所涉及的所有处理、分析和可视化任务还负责分析原始RNA-seq数据集,并在ATAC-seq和RNA-seq分析之间进行综合分析,以检查这种差异的可及性是否以及转化为测序时的转录本数量差。在第二篇论文中他对来自对照小鼠和CBX2敲除小鼠胚胎干细胞的ATAC-seq表观遗传学数据进行了处理、分析和可视化。

在不断的学习进步中,张翔宇逐步有了属于自己的方向,开发出一个无创的深度学习管道,可以在没有荧光标记的情况下预测活卵母细胞的DNA构型(NSN或SN),并且只使用在普通共聚焦显微镜下拍摄的3D亮场图像。让我们期待这位明日之星以后再此专业上更大的成就。

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